Awal hidup: 1946–66

Bantu Stephen Biko lahir pada 18 Disember 1946,[2] di rumah neneknya di Tarkastad, Tanjung Harapan Timur.[3] Anak ketiga dari pasangan Mzingaye Mathew Biko dan Alice 'Mamcete' Biko,[4] beliau memiliki seorang kakak perempuan, Bukelwa, seorang kakak laki-laki, Khaya, dan seorang adik perempuan, Nobandile.[5] Orangtuanya menikah di Whittlesea, dimana ayahnya bekerja sebagai perwira polisi. Mzingaye dipindahkan ke Queenstown, Port Elizabeth, Fort Cox, dan terakhir King William's Town, dimana beliau dan Alice menetap di kotapraja Ginsberg.[6] Ini adalah pemukiman dari sektiar 800 keluarga, dengan setiap empat keluarga berbagi suplai air dan toilet.[7] Orang Bantu Afrika dan orang Coloured tinggal di kotapraja,[8] dimana bahasa Xhosa, Afrikaans, dan Inggeris dipakai.[9] Setelah mundur dari jabatan kepolisian, Mzingaye bekerja sebagai pramuniaga di Jawatan Urusan Orang Asli King William's Town,[10] sesambil belajar hukum di Universiti Afrika Selatan.[11] Alice mula-mula belerja dalam pekerjaan domestik untuk rumah tangga orang kulit putih lokal kemudian sebagai tukang masak di Grey Hospital, King William's Town.[12] Menurut saudarinya, pengamatan dari kondisi pekerjaan berbeda dari ibunya yang menimbulkan politisasi terawal dari Biko.[13]

jmpl|kiri|Biko sempat belajar di sekolah asrama Lovedale, Alice.

Nama pemberian Biko "Bantu" artinya "orang"; Biko menafsirkan hal ini dengan berkata "Umuntu ngumuntu ngabantu" ("seseorang adalah seseorang dalam hal orang lain").[14] Pada masa kecil, beliau dijuluki "Goofy" dan "Xwaku-Xwaku", sebuah rujukan kepada penampilannya yang tak selaras.[15] Beliau dibesarkan dalam kepercayaan Kristian Anglikan dari keluarganya.[16] Pada 1950 saat Biko berusia empat tahun, ayahnya jatuh sakit dan dirawat di St. Matthew's Hospital, Keiskammahoek namun meninggal dunia,[17] ibunya menjadi pergantungan keluarganya.[7]